社伝によれば、仲哀天皇の皇后息長足姫（神功皇后）が紀伊半島に進軍した際、玉津島神の加護を受けたことから、その分霊を祀ったのに始まるという。 玉津島は古くは玉出島と書くこともあったという。大阪市西成区玉出には生根神社があり、関係があるのか興味深い。